21 жовтня 1937 року Андрія Туполєва заарештували за звинуваченням у шкідництві і приналежності до контрреволюційної організації.
Під час ув'язнення авіаконструктор працював у «шаразі», в 1941-му був звільнений. Повністю реабілітували Туполєва тільки в 1955 році.
Доповідна записка А. Л. Дєдова, П. В. Баранова та І. О. Сєрова М. С. Хрущову про реабілітацію А. М. Туполєва, В. М. Мясищева, В. М. Петлякова та інших
Секретарю ЦК КПРС товаришу Н.С. Хрущову
Відповідно до Вашого доручення нами розглянуто слідчі справи на Туполєва О.М. та інших великих фахівців авіаційної промисловості, які перебували в ув'язненні.
Під час ознайомлення зі слідчими справами викликалися для бесіди авіаспеціалісти, які перебували під арештом, а також були допитані: колишній прокурор СРСР Панкратьєв, колишні члени Військової Колегії Верховного Суду СРСР Матулевич і Орлов, які брали участь у заочному розгляді справ на працівників авіаційної промисловості. Крім того, проведена перевірка звинувачень, пред'явлених авіаспеціалістам під час слідства, і відібрані пояснення від колишніх слідчих працівників НКВС, що займалися в той період розслідуванням справи на Туполєва та інших. В результаті встановлено.
Туполєв та інші видатні працівники авіаційної промисловості були заарештовані НКВС СРСР в 1937 - 1938 рр. Конкретних матеріалів для звинувачення в розпорядженні НКВС не було, і все слідство будувалося лише на свідченнях заарештованих, які обмовили один одного.
Від Туполєва, наприклад, були отримані свідчення, що він з числа співробітників ЦАГу створив антирадянську групу, учасники якої в перші роки існування радянської влади нібито займалися саботажем, а згодом об'єдналися у ворожу організацію і шкідницьки сконструювали майже всі літаки.
Незабаром після арешту Туполєва були також заарештовані всі провідні працівники ЦАГІ - Мясищев, Петляков, Некрасов та інші. Всі ці особи на допитах показали, що вони нібито займалися організованою антирадянською діяльністю.
У подальшому більшість фахівців авіаційної промисловості відмовилися від раніше даних свідчень, як від вигаданих, і заявили, що вони обмовили себе в результаті застосування заборонених методів слідства. У 1938 році всі ці особи, не будучи засудженими, були спрямовані на роботу в Особливе технічне бюро при НКВС СРСР і справи на них без розгляду судом були здані в архів.
З приходом в НКВС Берія, він для того, щоб створити видимість використання ув'язнених фахівців для користі справи, домігся обманним шляхом перед інстанцією засудження 307 авіаспеціалістів заочно на різні терміни, вказавши, що «розгляд цих справ у звичайному порядку недоцільний, оскільки це відірве фахівців від їх роботи і зірве план роботи Особливого технічного бюро».
Навівши ці явно надумані і абсолютно неспроможні доводи, Берія разом з тим брехливо стверджував, що провина заарештованих фахівців у скоєнні державних злочинів нібито доведена, і зазначав, що виклик обвинувачених у судове засідання нічого не дасть, оскільки вони тривалий час перебували у взаємному спілкуванні і домовилися про характер свідчень, які слід давати в майбутньому. Далі в листі Берія просив дозволу на створення спеціальної комісії у складі його, Прокурора СРСР і голови Військової Колегії Верховного Суду СРСР, яка заочно визначить міру покарання кожному із заарештованих фахівців у вигляді позбавлення волі на строк від 5 до 15 років.
В архіві КДБ є також протоколи засідань зазначеної комісії, якими призначено міру покарання всім заарештованим фахівцям. У травні 1940 року Військова Колегія Верховного Суду заочно розглянула справи на заарештованих фахівців і всім їм визначила заходи покарання відповідно до рішення цієї комісії. Таким чином були засуджені всі заарештовані фахівці, а згодом у 1940-44 рр., за клопотанням НКВС, Президією Верховної Ради СРСР багато з них були звільнені зі зняттям судимості.
В результаті перевірки всіх слідчих матеріалів у справах на Туполєва, Петлякова, Мясищева та інших встановлено, що вони в 1937 - 1938 рр. були заарештовані і притягнуті до кримінальної відповідальності необґрунтовано, а слідчі матеріали були сфальсифіковані в результаті застосування до них заходів фізичного впливу.
Перевіркою щодо Міністерства авіаційної промисловості встановлено, що багато сконструйованих Туполєвим та іншими працівниками ЦАГІ літаків, про які наслідок домоглося свідчень, як про зроблені шкідницьки, виготовлялися в серійному виробництві і свого часу вважалися першокласними (ТБ-3, РБ та ін.). При цьому бомбардувальник РБ отримав дуже високу оцінку під час бойових дій в Іспанії.
У зв'язку з викладеним вважаємо за доцільне доручити Генеральному Прокурору СРСР внести до Верховного Суду СРСР протести у справах на Туполєва та інших фахівців авіаційної промисловості про їх повну реабілітацію. Стосовно працівників був.НКВС, які допустили порушення соціалістичної законності у цих справах, провести розслідування.
О. Дєдов П. Баранов І. Сєров