Оспорюється головним чином обсяг потопу, тобто його всесвітність. Крім того, оскаржуються і зокрема, наприклад, існування Ноєва ковчега, можливість приміщення в ньому всіх тварин та ін. Однак всі вчені-геологи визнають безсумнівність якоїсь величезної геологічної катастрофи, пов'язаної з повінню або обмерзанням. Сумніви виникають лише у всесвітності цієї катастрофи і в її тривалості. Геологія протиставляє потопу гіпотезу так званого «льодовикового періоду», вважаючи цей геологічний феномен більш стародавнім, більш тривалим і більш всеосяжним.
Християнська апологетика щодо потопу насамперед намагається зрозуміти, яке значення для християнського світогляду має біблійна розповідь про всесвітній потоп, а потім вже шукає наукових даних, що підтверджують його правдивість.
Питання про потоп - не приватність, а одне з надзвичайно важливих положень світогляду християнина. Всесвітній потоп - це світова подія, пов "язана з історією Ноя та його синів, від яких біблійна історія виробляє всі існуючі донині племена та народи.
Крім історичного значення, всесвітній потоп має ще догматичне і моральне значення. З усесвітнім потопом пов "язане догматичне вчення про єдність і безперервність людського роду від Адама через Ноя до нашого часу. Причина ж потопу має глибоко моральне значення: потоп був посланий людству як покарання за гріхи, за загальний моральний розклад.
Справжність всесвітнього потопу засвідчена словами Самого Спасителя, що для християнина має вирішальне значення. Бо християнська свідомість може легше припустити, що весь світ помиляється, ніж блюзнірсько подумати про те, що помилився Богочеловек (див. Мф. 24, 37).
В апостольських посланнях також часто говориться про всесвітній потоп як про дійсно колишню подію (див. 2 Пет. 2, 5; Євр. 11, 7). Спаситель і апостоли Його, за власним характером своєї проповіді правди, не могли приводити «легендарних» і «фальшивих» сказань про потоп на доказ правосуддя Божого.
У різних народів є понад сімдесят різних сказань, що нагадують опис потопу в 6-му розділі книги Буття (найбільш близьким до Біблії є сказання Вавилонське). Загальність переказу про потоп говорить про те, що в основу його лягла якась дійсна світова подія, що відобразилася в пам'яті народів і збереглася протягом багатьох століть.
З питання про те, чи був біблійний потоп всесвітнім у тому розумінні, що він покрив усю поверхню земної кулі (тобто був геологічним явищем), або в тому сенсі, що в його хвилях загинуло все допотопне людство (тобто що він був явищем антропологічним), є в західному богослов'ї різні думки. Намагаючись примирити біблійні слова з геологічними науковими гіпотезами, деякі західні богослови припускають, що потоп міг бути не повсюдним на всій земній кулі, а захопити собою тільки ті місцевості і країни, які були населені людьми.
Православне богослов'я з цим погодитися не може, по-перше, тому, що це суперечить і сенсу і букві біблійної оповіді, в якій ясно сказано, що потопом покрилися всі найвищі гори по всій землі, а по-друге, і тому, що і з наукової точки зору труднощів при поясненні місцевого потопу набагато більше, ніж для пояснення потопу всесвітнього.
Наукові геологічні гіпотези про потоп кілька разів змінювалися. Поки в допотопних шарах землі не знаходили ніяких залишків людей, з'являлися геологи, які рішуче стверджували, що потоп мав місце на землі до появи людини. В даний час (після відкриття слідів людини в допотопних шарах землі) факт існування людини до потопу незаперечний. Багато «суперечили» Біблії старі геологічні гіпотези. Але нові й новітні геологічні гіпотези про потоп представили нові «протиріччя», які, однак, не поділяються всіма вченими геологами. Головні пункти розбіжності геологічних гіпотез з біблійним сказанням можуть бути зведені до наступних положень.
По-перше, геологія дивиться на потоп як на природне космологічне явище, а не як на спеціальне явище покарання Божого людям. Суперечливість різних геологічних гіпотез і, зрештою, безсилля науки тільки «науково» пояснити явище потопу тільки підтверджують у свідомості християнина безсумнівну чудесність цієї події.
Далі геологія дивиться на потоп не як на раптову катастрофу, що підготовлялася за Біблією тільки сорок днів, а як на величезну за часом продовження цілу геологічну епоху. Потопу, за геологічними гіпотезами, передувало поступове, вкрай повільне зниження температури на землі, що дійшло нарешті до крижаного стану, причому маси води на земній поверхні перетворилися на льодовики, які покрили великі простори землі. Згідно з Біблією, потоп раптово настав і порівняно скоро минув, тоді як «льодовиковий період», за геологією, досить довго підготовлявся і ще довше тривав (протягом багатьох тисячоліть).
Згідно з Біблією, потоп був всесвітнім і в геологічному, і в антропологічному сенсі, тобто вся земна куля була залита водою вище найвищих гір, і все допотопне людство, за винятком сім'ї Ноя, загинуло. Думки ж геологів з цього питання розходяться, причому меншість передбачає, що колись полярні льоди і снігу покривали всю земну поверхню (чим передбачається, що і повінь, яка передувала утворенню льодів, була повсюдною), тоді як більшість схиляється до визнання тільки місцевого, хоча і великого обмерзання. Далі геологи схильні відсувати свій потоп на мільйони років тому і не думають, що все людство загинуло в нім. Ці розбіжності теологів і геологів мимоволі призводять до думки: про одне і те явище вони сперечаються? Чи не слід відрізняти «потоп» біблійний від «льодовикового періоду» геологів?
Багато сучасних геологів вважають, що «льодовиковий період» є гіпотеза, а потоп - ще не вирішена проблема. Причини повсюдного зниження температури, що зумовило настання «льодовикового періоду», з достатньою точністю наукою ще не визначені. Якщо біблійний потоп не може бути суворо науково доведений, то він не може бути також і науково спростований. Отже, немає жодних «наукових» перешкод для християнської довіри Біблії.
Проти всесвітнього потопу Біблії часто заперечують, посилаючись на те, що Біблія не вказує достатньо причин для такого потопу. Сорокаденний дощ, кажуть заперечуючі, недостатній, щоб провести таку величезну повінь. З приводу цього заперечення слід перш за все сказати, що головна причина потопу, згідно з Біблією, полягає не в тих чи інших природних причинах, а у всемогутній волі Божій. Але природні причини, вказані в Біблії як причини, підлеглі вищої Божественної волі, були достатніми для всесвітнього потопу.
Головна причина потопу, згідно з Біблією, полягала в тому, що «розгорзлися всі джерела великої безодні» (Побут. 7, 11), а дощі ставляться на другому плані (Побут. 8, 2). Що слід розуміти під «джерелами великої безодні»? Це могло означати і океани, що хлинули в результаті світового катаклізму, пов'язаного з землетрусами і змінами дна океанів і морів; це могли бути і підземні водяні джерела, які, на думку деяких геологів, так величезні, що могли б доставити ще більш значну кількість водяної маси, ніж це було потрібно для всесвітнього потопу.
Отже, всі заперечення проти геологічної достатності причин потопу, вказані в Біблії, не є ґрунтовними.
Слід зазначити вказівку Біблії на веселку, яка з "явилася вперше лише після потопу. Згідно з деякими науковими гіпотезами (наприклад, гіпотезою професора Риму), існування веселки при допотопній атмосфері фізично було неможливим, і лише при випаданні величезних мас води з'явилася можливість у зміненій атмосфері появи феномена, іменованого веселкою. Ця веселка, підкреслена в біблійній розповіді як знак обітниці, що «потопу більше не буде», повідомляє біблійну розповідь про особливу значущість і правдивість.